Министарство за људска права и избјеглице БиХ има надлежност да, у име органа БиХ, а у складу са Законом о слободи вјере и правном положају  цркава и вјерских заједница у Босни и Херцеговини ("Службени гласник БиХ, број 5/04) од 28.01.2004. године, врши мониторинг како имплементације поменутог Закона, тако и  промоцију и заштиту индивидуалних и колективних људских права, посебно права на слободу савјести и  вјере, у складу са Уставом Босне и Херцеговине, те највишим међународним стандардима људских права садржаних у међународним декларацијама и конвенцијама о слободи вјере. 

Министарство, као надлежни орган за односе с црквама и вјерским заједницама задужено је да:

• учествује у припреми, изради и предлагању текста основних споразума/уговора који се закључују између Босне и Херцеговине, цркава и вјерских заједница;

• даје мишљење у вези са случајем забране или ограничења слободе вјере или увјерења.

• у случајевима кршења права на слободу вјере, а на основу писмених упита/представки које су поднијеле цркве и вјерске заједнице, да од свих државних, ентитетских, кантоналних и опћинских власти затражити предузимање законом прописаних мјера којим се спречавају таква кршења како је то прописано чланом 17. Закона о слободи вјере и правном положају цркава и вјерских заједница у БиХ.

Сва важнија питања остваривања слободе вјере, а од интереса су за четири традиционалне цркве и вјерске заједнице, рјешавају се у консултацији са Међурелигијским вијећем БиХ.

УГОВОРИ / СПОРАЗУМИ ВЈЕЋА МИНИСТАРА БИХ

1. Споразум о међусобној сарадњи Вијећа министара БиХ и  Међурелигијског вијећа БиХ потписан 2008. године, а који има за циљ да подржи његову активност у изградњи међурелигијског дијалога, вјерске толеранције и суживота у БиХ

2. Основни уговор између БиХ и Свете Столице и Додатни протокол уз Основни уговор ратифициран 2007. године од стране Предсједништва БиХ, а 2008. године конституирана је Мјешовите комисије за праћење провођења овог уговор;

3. Основни уговор између Српске православне цркве и БиХ ратификован у мају 2008. године од стране Предсједништва БиХ, а 2010. године основана је Мјешовите комисије за праћење провођења овог уговор;

На истим основама припремљен је и нацрт Уговора између БиХ и Исламске заједнице у БиХ. Вијеће министара Босне и Херцеговине је на 25. сједници одржаној 29.09.2015. године, утврдило приједлог Основног уговора између Босне и Херцеговине и Исламске заједнице у Босни и Херцеговини.